In theorie zijn de verschillen klein. Zowel een Linux als een Windows domein werken achter de schermen op dezelfde manier (Active Directory is in feite een implementatie van LDAP).

Softwarematig zijn er wel verschillen, en grote ook. Voor een Windows omgeving zul je voor alle werkplekken een systeem met XP professional nodig hebben (licensiekosten) en vermoedelijk ook softwarepakketten (Office bijvoorbeeld). Voor veel softwarepakketten is ook een (gratis) open source alternatief, OpenOffice bijvoorbeeld. Voor het beheer van je domein, de opslag van de bestanden van gebruikers enz enz heb je nog een Windows 2003 server nodig. Hier betaal je ook licensiekosten voor gebruikers die gelijktijdig met de server verbinden.
Mail laat ik even buiten beschouwing, maar dat zou neerkomen op een tweede server met Windows 2003 server en Exchange.

Voor Linux zit het grootste verschil hem in de kosten. Het besturingssysteem en heel erg veel softwarepakketten zijn gratis te verkrijgen en eventueel zelf aan te passen.
Voor je server kun je hetzelfde besturingssysteem gebruiken met een andere pakketkeuze of een andere Linux variant.
Ik weet dat Fedora een mooi systeem heeft wat op Active Directory lijkt (Fedora Directory Server), maar met een doorsnee implementatie van LDAP en Samba bereik je exact hetzelfde als met een Windows 2003 server die AD/DNS en fileserver speelt. Dit telt ook voor andere serverfuncties als DHCP.

Als kosten een belangrijk punt zijn en er is Linux kennis in huis, kies dan voor Linux. Mocht het enorm tegenvallen dan kun je altijd nog kiezen voor Windows, je geeft nu dan namelijk nog geen cent uit aan je besturingssysteem en software. Je zou met Fedora Directory Server (en handig is dan ook Fedora op je clients) aan de slag kunnen, of een Debian server met bijvoorbeeld Ubuntu of CentOS clients. De keuze is enorm.

Probeer echter niet te bezuinigen op hardware. Zorg voor een goede RAID opstelling van je harde schijven in je server en als je ook mail gaat implementeren zorg dan voor een aparte mailserver. (Tip: voor mail heb je ook een domeinnaam en MX records nodig).